Molla Fenari Camii diğer bilinen adıyla Fenari İsa Camii, İstanbul’un Fatih ilçesi Vatan Caddesi’nde yer almaktadır. Eski adı Lips Manastırı Kilisesi olup İstanbul’un fethiyle kiliseden camiye çevrilen yerlerden biridir. Günümüzdeki yapının 6.yüzyıldan kalma başka bir kilisenin kalıntıları üzerine yapıldığı ve yapımında eski bir Roman mezarlığının mezar taşları kullanıldığı tahmin edilmektedir. Ortodoks azizelerinden Aya İrini’nin kutsal emanetleri de burada saklanmıştır.

Kilise halk arasında Kuzey Kilise olarak anılmaktaydı. Kiliseden çıkarılan Bizans kalıntıları ve Azize Evdokya’yı betimleyen duvar mozaği İstanbul Arkeoloji Müzesi’nde sergilenmektedir. Tahminen 1286-1304 yılları arasında İmparatoriçe Theodora, birinci kilisenin güneyine yeni bir kilise inşa ettirir ve bu kiliseyi Yahya Peygamber’e adar. Bu kilise de halk arasında Güney Kilise olarak anılmaya başlar. Paleologos hanedanın ileri gelenleri buraya gömülmeye başlanır.İmparatoriçe Theodora ve oğlu Konstantinos da buraya gömülen hanedan üyelerindendir. Bu geleneğin 15.yüzyıla kadar devam ettiği tahmin edilmektedir.

İstanbul’un Camiileri

    İstanbul’un fethinden sonra 2. Beyazıt döneminde kilise camiye dönüştürülmüştür. Güney Kilise Rumeli Kadıaskeri Fenarizade Alaaddin Ali Bin Yusuf Efendi tarafından mescide çevrilmiş ve yapıya bir minare eklenerek yarım kubbelerden biri de mihraba dönüştürülmüştür. Camiye, medresenin başhatiplerinden biri olan İsa Efendi ‘nin adı verilmiştir. 1633 yılında çıkan bir yangın sonucu büyük hasar görerek kullanılamaz hale gelmiş ve 1636 yılında Sadrazam Bayram Paşa tarafından bakım ve onarım çalışmaları yaptırılmıştır. Aynı dönem Kuzey Kilise de tekkeye dönüştürülmüştür.    

Yapıda 1929 yılında yapılan kazı çalışmaları sırasında 22 tane lahit bulunmuştur.

     Kuzey Kilise, o dönem mimarisinde eşi ve benzerine rastlanmayan bir tarzda inşa edilmiştir. Beş noktasal tarzda olan yapı, ana binanın dört köşesi ve tam ortasında birer kolona sahiptir. O dönemde şehirde bu tarzda yapılan ilk dini yapılardan biridir. Özgün Bizans süslemelerinden günümüze taşıyıcı kolonlarının üçünün alt kısmındakiler, pencere kenarlarındakiler ve kubbe kasnağında bulunan süslemeler kalmıştır. Güney Kilise ise üzerinde bir kubbe bulunan dörtgen şeklinde bir yapıdır. Duvarların yapımında kullanılan tuğlalar güneş harçları, yaylar, svastikalar ve menderesler oluşturacak şekilde dizilmiştir ve yine Bizans’a özgü süslemeler mevcuttur. İstanbul’da geç dönem Bizans mimari özelliklerini taşıyan önemli tarihi yapılardan biridir.